在衛生福利部的監督下，依「衛生福利部審查社會福利業務財團法人設立許可及監督要點」之規定，由董事會監督基金會運作，作為組織治理的基礎。董事組成係以認同慈濟理念、具有宗教情懷、慈善關懷及國際宏觀；並設具財會或治理等經驗之監察人，以專業客觀的角度給予適切的建議，提升董事會議決策品質，發揮有效的監督功能。
本會自2016年 6月30日第11屆第18次董事會議選聘第12屆董監事。董事成員為15 名，其中有4名為外部董事；監事2名，唯其中1位監事因個人因素於2019年5月請辭，故監事現為1名。董事及監察人聘任皆依相關法令及本會捐章規定辦理，董監事任期4年1任，廣納社會賢達，共計16位，其中女性佔10位，男性6位：以年齡層來分，50歲以上佔8成；主要考量專業能力，更重視其個人品德，成員分別具有慈善社會福利實務經驗、產官學專業背景，監察人為會計師；於2020年6月29日聘任第13屆新任董監事。
董事會治理均依法令規章召開會議，審議相關重要事項，以促進組織治理並實質發揮對管理層級的指導及監督功能。為了善盡監督責任，董事會轄下亦設置「永續發展委員會」和「資產管理委員會」2個功能性委員會，針對永續發展策略及重大議題與資產管理政策與處理，其中，資產管理委員會2018-2019年共計召開4次會議，永續發展委員會則不定期進行委員會內的溝通，確保議案均經過審慎規劃及決策，並監督實際執行情形。
董事會定期聽取業務報告，直接與管理會務團隊溝通擬定策略，適時敦促管理團隊調整，2018至2019 年共召開9次會議，重要討論事項包括：依財團法人法規定完備本會內部控制與稽核制度；援建防災減災希望學校及大愛永久屋、為海外推動國際慈善會務設立八個海外分事務所；面對氣候變遷，天災人禍頻傳，以及人口結構的改變、貧富差距等問題，救急、扶困等援助多元且急迫，設置「全球共善‧救拔苦難」專戶。
同時，因應高齡化社會需求，經董事會決議， 2018年於董事會下設置「長照推展中心」，透過專業整合性的長照服務模式，於全臺各縣巿設置長照機構，同時結合慈濟醫療志業提供「醫養結合」的長照服務，讓長者再顯生命價值。
為了促進與優化組織運作，並確實反應內外部環境調整與變化，依循本會願景目標，結合慈濟4大志業、慈濟志工、全球會員與大眾的愛心能量，在顏博文執行長與4位副執行長帶領之下，執行董事會之決議、發揮綜理、擬定短中長期慈善志業發展策略之責。同時，評估衡量社會發展與遵循法令規範，針對行政之管理機制進行優化，並確保妥善運用有形和無形資產資源，以發揮慈善工作效益及社會責任，以達慈善志業永續之目標。
因應愈趨嚴峻的環境挑戰，我們將「永續」作為最重要的課題，優化組織讓運作更有效率是我們持續努力的方向。
讓50餘年累積下來的經驗與初級資料做更佳的應用，除建立、維運人工智慧基礎運算平台外，也藉由統整業務營運資料，進行探勘、分析及預測，即時提供正確、多面向的數據分析供管理階層決策。
讓防賑災相關事宜，更朝向系統化、組織性的統籌，除了研擬與執行辦法外，也著重在防賑災人才培養、運作平台建構與協調，更重要的是，慈悲科技產品應用與知識庫建立。
為了與國際並進，在安侯建業會計事務所（KPMG）輔導下，透過設計標準化控制活動，定期檢視持續優化，建立完整稽核制度，提升行政管理效能。
在降低風險的目標下，建置內部稽核職能、內部稽核完整作業流程並編製內部稽核工作手冊，盤點後將內控制度分類為12項，並分階段陸續完備。
各階層落實本身的職責，以實踐建立風險管理各防線。
2018年至2019年間，在財務作業方面，因應電子化作業，我們持續優化捐款作業辦法、會員資料登錄、捐款諮詢作業、專案募款作業、捐款徵信作業、實物受贈作業，與採購與付款循環等內控作業；另，本會為全球性慈善組織，我們遵守「洗錢防制法」規範並接受查核。
慈善服務為本會核心業務，依據社工、同仁多年實務運作經驗、參考社會環境變遷需求，並融入內部稽核發現之改善建議，優化作業流程，並完成慈善關懷扶助辦法作業辦法及各項補助之作業細則，獎學、助學金作業、因應長者關懷之社區關懷據點運作內控作業辦法
我們編列災害救助相關內控作業辦法，例如總指揮中心運作、援建專案等內控作業。氣候變遷多元救災之故，2020年則增編國內急難救援及海外急難救援從防賑災、急難救助到重建完整之內控作業。
社區會所功能多樣，平日可以做為慈善工作推動、志工專業技能培育，災害發生時可以隨即成立防災協調的中心，2020年將持續優化不動產維護與管理、營建設計施工等內控作業，結合業務運作讓會所發揮功能與良能，同時修訂優化志工會務循環內控作業，讓志工安心投入各項志業推動。
2018年至2019年透過內控種子教育訓練、工作坊實務課程演練，及全體同仁連線課程等方式，培養內稽內控種子人員。2020年亦會成立「內控小組」，成員包含核決主管、法遵、財務及行政各類成員，持續優化相關領域之內控作業文件。
在內控作業教育訓練，於2019年舉辦3次教育訓練課程，1次是針對書面內部控制導讀、三階作業辦法撰寫實務，67位各處內控種子同仁與會，同時透過全台視訓會議，將「內部控制-你我應知的事」凝聚同仁共識，此外，在也透過各處內控窗口共識會，檢視與討論內控作業工作。另外，也參與衛福部開立之相關課程社福法人會計制度、內部控制及內部稽核實務等相關課程。
我們於2018年8月舉辦了內稽內控工作坊，共有93位不同處室的同仁共同參與，而工作坊核心內容包含風險辨識、風險評估、風險回應及瞭解本會內部稽核定義：「內部稽核為獨立、客觀之確認性服務及諮詢服務，用以增加價值及改善本會之會務運作」。
除了工作坊，我們亦在2018年11月至12月進行進階的內稽種子培訓及內部稽核。在本次的培訓，主要以「採購循環」及「慈善會務循環之個案關懷作業及獎助學金作業」為稽核項目；以確認各項目實際作業是否與規範相符，並藉由查核過程提出流程優化相關建議。
根據「財團法人法」，本會應制定內部稽核制度，爰此本會參考國際內部稽核協會之「國際專業實務架構」(IPPF)、國內稽核實務、本會組織及實務運作訂立稽核制度，並於2019年完成「稽核制度」書面資料。